Ai丽丝和公司另一名保安组成一队假夫妻保护蜂巢的入口。Ai丽丝的假老公为了偷走T病毒去卖，盗走了T病毒，并打碎其中一瓶，感染了整个基地。
基地的人工智能红後为了防止病毒扩散关闭了整个基地，并启动了防御系统释放了神经毒气，迷晕了Ai丽丝和他假老公，以及前来手机保护伞公司罪证的‘热心公民’马特。
检测到蜂巢的异常，保护伞公司派出了一只特遣小队（第五部还会以克隆T身份出现）前来关闭红後。
x1入神经毒气，Ai丽丝和他的老公以及马特都陷入失忆後遗症，被特遣队抓住，一同乘坐轨道列车进入蜂巢。
在关闭红後的过程中，特遣队几乎全部扑街，Ai丽丝、假老公和马特也相继的慢慢想起了自己的回忆。
在即将离开蜂巢时，感染了的假老公将Ai丽丝等人困在房间里先行逃脱，在来的轨道列车上找到了解药却遭遇了T1aN食者（舌头超长的爬行怪），假老公扑街。
Ai丽丝等人脱困後来到列车上，利用启动的列车把猎杀者（T1aN食者得到假老公基因後进化而成）拖在地上摩擦摩擦，猎杀者扑街。然後此时幸存者只剩下Ai丽丝和马特两人。
逃出基地以後的Ai丽丝和马特本以为终於得救，却被早已守在门口的保护伞工作人员抓住进行实验。
至此，复仇nV神计划启动。
看完了生化危机第一部的所有剧情，Ai丽丝终於想起来自己到底是谁了，只是看着自己最终在一个实验室里醒来，来到街道上也是空无一人，她的心里顿时有了非常不好的预感。
“接下来呢，接下来会发生什麽？”Ai丽丝问道。
“等你将你那个假老公偷来的T病毒拿给我，完成我们的交易，你就可以看到接下来发生的事了。”方城淡淡道。
“可是会有很多人Si去，你就不能……”
“抱歉，Ai丽丝，交易就是交易，这是原则问题，而且你现在看到了未来即将发生的事，能救多少人，就全看你自己了。”方城道。
老实说，对於Ai丽丝这个人，他还是蛮喜欢的，尤其是对方一袭红裙真的很美，不过要说有什麽想法，那还是算了，这可是救世主，一个人打通关的存在；当然，更关键的是，Ai丽丝只是一个克隆人，她的本T是保护伞公司高层艾丽西亚·马库斯，一个行将就木的老太太。
“好吧，我会把东西拿来给你，只是就算我把那些人都救下来了，蜂巢的出口也有人在等着我们，这该怎麽办？”Ai丽丝问道。
“这可以算作一次交易，到时你可以请我帮助你，当然，这不是无偿的。”方城道。
“你要什麽？”Ai丽丝问道。
“你如果能将红後也带给我的话，我可以保证你们所有人的安全。”方城想了想道，蜂巢里除了T病毒，也就红後最具有价值了。